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Magisk附带了功能完整的BusyBox二进制文件(包括对SELinux的完整支持)。执行文件位于/data/adb/magisk/busybox。Magisk的BusyBox支持运行时可切换的“ASH Standalone Shell Mode(ASH独立Shell模式)”。这种独立模式的意思是，在ashshell的中的BusyBox运行时，无论PATH的值为何，每个命令都将直接使用BusyBox中的应用(子命令)。例如，就像ls，rm，chmod 命令一样。它们将不在使用PATH(在Android中，默认为/system/bin/ls，/system/bin/rm，和/system/bin/chmod。)，而是直接调用Magisk内部的BusyBox应用(子命令)。这样可以确保脚本始终在可预测的环境中运行，并且无论运行在哪个Android版本上，始终具有完整的命令集。要强制命令不使用BusyBox，必须使用完整路径调用可执行文件。

在启用了ash的独立模式的情况下，Magisk中运行的每个单独的shell脚本都将在内部的BusyBox的shell中执行。对于与第三方开发者而言，这包括所有引导脚本和模块安装脚本。

对于那些想在Magisk之外使用此“独立模式”功能的人，有两种启用它的方法:

为确保所有后续的sh执行的shell也都以独立模式运行，推荐使用1方案(这是Magisk和Magisk应用程序内部使用的方法)，因为环境变量一直继承到子进程。

Magisk模块的文件在/data/adb/modules中具有以下结构: